Oft-extr

From Open Foris Wiki

Jump to: navigation, search
m
 
Line 1: Line 1:
-
Extracts pixel values from an image.
+
Extracts pixel values from an image for points into a text file.
'''Usage:''' oft-extr [-nomd] [-mm] [-avg] [-var] [-ws n] [-o outfile] <pointfile> <img-file>
'''Usage:''' oft-extr [-nomd] [-mm] [-avg] [-var] [-ws n] [-o outfile] <pointfile> <img-file>
-
Options:
+
'''Options:'''
-nomd = do not print metadata
-nomd = do not print metadata
Line 17: Line 17:
-o outfile = output file name
-o outfile = output file name
-
[[Programs | Back to Open Foris Toolkit Programs page]]
+
Please note that the default behaviour is to extract window's center pixel values.
 +
 
 +
The text file with the points needs to have spaces as field separators and must not contain strings nor a header line. (If you need to change the field separator in your text file or remove columns that contain strings, you could for example edit the file with awk.)
 +
 
 +
Both, text file with point coordinates and image, need to be in the same projection.
 +
 
 +
The programm will process all points that fall within the extent of the image. For all points falling outside of the extent, it will skip them and print on screen "Plot ... is outside the image ... ... size ... ...".
 +
 
 +
 
 +
==Exercise:==
 +
*Get [[Example data set]]
 +
*For this exercise following tools are used: [[oft-extr]]
 +
*Open your working directory using
 +
cd /home/...
 +
'''1. Let's run [[oft-extr]] using the input image ''landsat_t1.tif'' with the point text file ''training.txt''. Output: ''extr.txt'' with ''no extra option'':'''
 +
oft-extr -o extr.txt txt/training.txt images/landsat_t1.tif
 +
 
 +
You will be asked
 +
X-coord. column in input file?: 2
 +
Y-coord. column in input file?: 3
 +
 
 +
*Now we take a closer look at our result:
 +
head extr.txt
 +
 
 +
<pre style="overflow:auto; width=auto;">
 +
      1.00  730785.00 -2456134.00      50.00    3441.00      52.00      24.00      24.00      51.00      65.00    128.00      29.00
 +
      2.00  730785.00 -2455134.00      50.00    3408.00      59.00      27.00      34.00      47.00      82.00    132.00      46.00
 +
      3.00  730785.00 -2454134.00      50.00    3374.00      57.00      28.00      33.00      50.00      82.00    131.00      44.00
 +
      4.00  730785.00 -2453134.00      50.00    3341.00      55.00      26.00      29.00      52.00      72.00    129.00      34.00
 +
      5.00  730785.00 -2452134.00      50.00    3308.00      60.00      28.00      35.00      54.00      87.00    129.00      45.00
 +
      6.00  730785.00 -2451134.00      50.00    3274.00      47.00      19.00      18.00      37.00      47.00    124.00      20.00
 +
      7.00  730785.00 -2450134.00      50.00    3241.00      46.00      19.00      17.00      38.00      44.00    123.00      18.00
 +
      8.00  730785.00 -2449134.00      50.00    3208.00      59.00      28.00      33.00      60.00      84.00    129.00      43.00
 +
      9.00  730785.00 -2448134.00      50.00    3174.00      66.00      34.00      42.00      57.00      98.00    130.00      56.00
 +
    10.00  730785.00 -2447134.00      50.00    3141.00      52.00      23.00      21.00      53.00      61.00    127.00      27.00
 +
 
 +
</pre>
 +
*Explanation of values for each column:
 +
 
 +
:*Col1: pixel ID
 +
:*Col2: x-coordinates
 +
:*Col3: y-coordinates
 +
:*Col4: pixel col coordinate
 +
:*Col5: pixel row coordinate
 +
:*Col6 - Col7: center pixel value for bands 1-7
 +
 
 +
'''2. Exercise using option ''-mm'' and ''-ws'':'''
 +
 
 +
oft-extr -ws 3 -mm -o extr_mm.txt training.txt landsat_t1.tif
 +
 
 +
head extr_mm.txt
 +
<pre style="overflow:auto; width=auto;">
 +
1.00  730785.00 -2456134.00      50.00    3441.00      52.00      24.00      24.00      51.00      65.00    128.00      29.00      50.00      23.00      24.00      46.00      64.00    128.00      28.00      52.00      24.00      25.00      53.00      70.00    129.00      32.00
 +
2.00  730785.00 -2455134.00      50.00    3408.00      59.00      27.00      34.00      47.00      82.00    132.00      46.00      56.00      27.00      33.00      46.00      80.00    131.00      44.00      59.00      31.00      39.00      49.00      90.00    132.00      53.00
 +
3.00  730785.00 -2454134.00      50.00    3374.00      57.00      28.00      33.00      50.00      82.00    131.00      44.00      54.00      27.00      29.00      48.00      77.00    130.00      41.00      58.00      29.00      36.00      52.00      82.00    131.00      44.00
 +
4.00  730785.00 -2453134.00      50.00    3341.00      55.00      26.00      29.00      52.00      72.00    129.00      34.00      52.00      24.00      27.00      48.00      68.00    128.00      31.00      58.00      27.00      32.00      54.00      80.00    129.00      41.00
 +
5.00  730785.00 -2452134.00      50.00    3308.00      60.00      28.00      35.00      54.00      87.00    129.00      45.00      56.00      27.00      31.00      51.00      76.00    129.00      36.00      60.00      30.00      37.00      60.00      90.00    129.00      48.00
 +
6.00  730785.00 -2451134.00      50.00    3274.00      47.00      19.00      18.00      37.00      47.00    124.00      20.00      45.00      19.00      17.00      37.00      45.00    124.00      18.00      49.00      20.00      19.00      38.00      48.00    125.00      21.00
 +
7.00  730785.00 -2450134.00      50.00    3241.00      46.00      19.00      17.00      38.00      44.00    123.00      18.00      46.00      19.00      17.00      37.00      40.00    123.00      17.00      49.00      20.00      18.00      39.00      46.00    124.00      21.00
 +
 
 +
</pre>
 +
 
 +
*Explanation of values for each column:
 +
 
 +
:*Col1: pixel ID
 +
:*Col2: x-coordinates
 +
:*Col3: y-coordinates
 +
:*Col4: pixel x coordinated
 +
:*Col5: pixel y coordinates
 +
:*Col6 - Col12: min values for bands 1-7
 +
:*Col13 - Col19: max values for bands 1-7
 +
:*Col20 - Col26: center pixel values for bands 1-7
 +
====3. Exercise using option ''-csv'' and ''-ws'':====
 +
oft-extr -ws 3 -csv -o extr_3.txt training.txt landsat_t1.tif
 +
 +
head extr_3.txt
 +
 
 +
<pre style="overflow:auto; width=auto;">
 +
1.000000,730785.000000,-2456134.000000,50.000000,3441.000000,52.000000,24.000000,24.000000,51.000000,65.000000,128.000000,29.000000
 +
2.000000,730785.000000,-2455134.000000,50.000000,3408.000000,59.000000,27.000000,34.000000,47.000000,82.000000,132.000000,46.000000
 +
3.000000,730785.000000,-2454134.000000,50.000000,3374.000000,57.000000,28.000000,33.000000,50.000000,82.000000,131.000000,44.000000
 +
4.000000,730785.000000,-2453134.000000,50.000000,3341.000000,55.000000,26.000000,29.000000,52.000000,72.000000,129.000000,34.000000
 +
5.000000,730785.000000,-2452134.000000,50.000000,3308.000000,60.000000,28.000000,35.000000,54.000000,87.000000,129.000000,45.000000
 +
6.000000,730785.000000,-2451134.000000,50.000000,3274.000000,47.000000,19.000000,18.000000,37.000000,47.000000,124.000000,20.000000
 +
</pre>
-
[[Open_Foris_Geospatial_Toolkit|Back to Open Foris Geospatial Toolkit Main Page]]
 
----
----
 +
[[Open_Foris_Geospatial_Toolkit|Back to Open Foris Toolkit Main Page]]
 +
[[Tools & Exercises|Back to Tools & Exercises]]
 +
----
 +
----
<google1 style="3"></google1>
<google1 style="3"></google1>
<facelikebutton style="1" showsend="0"></facelikebutton>
<facelikebutton style="1" showsend="0"></facelikebutton>

Current revision as of 12:07, 7 April 2014

Personal tools